Kuigi Rahvusarhiiv asutusena on suhteliselt noor, algas rahvusarhiivide süsteemi loomine juba Eesti Vabariigi algusaegadel. Rahvusarhiiv sündis kohe Eesti iseseisvussõja lõpul 3. märtsil 1920, kui peeti Arhiivikomitee esimesed koosolekud Tartu Ülikooli raamatukogus, et arutada kirjaliku rahvuspärandi olukorda ning Eesti oma riigiarhiivide loomist.
Tol ajal otsustati, et Tartusse kui tähtsate ajalooürikute ja asutuste asupaika rajatakse Ajalooarhiiv ning Tallinnasse Riigiarhiiv, millest saab tegutsevate riigiasutuste dokumentide hoidja. Arhiivikomitee seatud suundi võib pidada esimesteks sammudeks leidmaks järjekindlaid lahendusi arhiividokumentide hankimiseks, hoiustamiseks ja kasutamiseks. Samuti loodi sel ajal asutuste ja arhiivide vahel usalduslikud suhted.
1935. aasta Arhiiviseadus tugevdas arhiivide rolli ühiskonnale väärtuslike dokumentide säilitamisel ja kasutamisel. Nõukogude okupatsiooni ajal jätkasid arhiivid oma tööd, kuid piirkondlikud arhiivid, mis tegutsesid suuremates linnades, nimetati ümber linna-arhiivideks ning neid juhiti Moskvast. Arhiivide sõltumatu juhtimine taastati 1990. aastatel ning Eesti Rahvusarhiiv hakkas tegutsema 1. jaanuaril 1999, vastavalt 1998. aastal vastu võetud arhiiviseadusele. Aastaid 1999–2011 võib iseloomustada kui Rahvusarhiivi organisatsioonilise arengu ja edendamise perioodi, ning mis veelgi olulisem, üleminekufaasi online-arhiiviteenustele ning digitaalse arhiivisüsteemi sisseseadmist. Esimene aastakümme 21. sajandil muutis arhiivide juhtimist ja kasutamist täielikult.
Alates 2012. aastast tegutseb Rahvusarhiiv uuenenud arhiiviseaduse ja -eeskirjade kohaselt. Eesti riigiarhivaar Priit Pirsko on öelnud, et 2011. aasta seaduse peamine eesmärk oli luua optimaalsed juriidilised tingimused lõplikuks üleminekuks digitaalsetele andmete ja arhiivijuhtimisele. Praegusel aastakümnel on arhiivi juhtimisele vahest kõige iseloomumlikum digitaalne ümberkujundamine – pidevalt kasvav analoogmeedia digiteerimine ja juba digitaalselt loodud materjalide vastuvõtt. Rahvusarhiivi külastatakse 1,5 miljonit korda aasta jooksul ning 99.5% neist külastustest toimuvad veebis. Eesti arhiivijuhtimise praegu käimasoleva arengufaasi kohta käib kõige paremini lause: kui arhiiviallikat ei ole veebis, siis seda ei ole olemas.
Lisateavet Eesti Rahvusarhiivi lähiajaloo kohta võib leida veebis kättesaadavatest ülevaadetest ja aastaaruannetest (www.ra.ee). Veebis saab vaadata ka juubelikõnesid, mida pidasid 2. märtsil 2020 Eesti Vabariigi Haridus- ja Teadusminister Mailis Reps ning riigiarhivaar Priit Pirsko: www.ra.ee/en/the-national-archives-of-estonia-100/.
1920 – Arhiivikomitee esimene kohtumine, sündis rahvusarhiivide haldussüsteem
1921 – Loodi kaks keskarhiivi: Ajalooarhiiv Tartus, kus säilitati ajalooliselt tähtsate asutuste dokumente, ning Riigiarhiiv Tallinnas, kus säilitati tegutsevate asutuste dokumentatsiooni
1935 – Eesti Vabariigi esimene arhiiviseadus
1939 – Loodi Eesti Arhivaaride Liit
1940–1988 – Senise arhiivi administreerimissüsteemi katkestus, arhiivide ümberkorraldamine nõukogude stiilis, arhiivisisu keelustamine
1988–1998 – Arhiivide desovjetiseerimine, üleminek kaasaegsele arhiivihaldusele ja arhiivide sisu avalikustamine
1998 – Eesti Vabariigi teine arhiiviseadus
1999 – Endiste keskarhiivide põhjal loodi Eesti Vabariigi Rahvusarhiiv
2011 – Eesti Vabariigi kolmas arhiiviseadus
2017 – Tartus avati Rahvusarhiivi peahoone Noora
Birgit Kibal